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1、科属不同
裙带菜属于褐藻门，褐藻纲、海带目、翅藻科、裙带菜属的植物，真核生物，大型藻类。螺旋藻属于蓝藻门，蓝藻纲，颤藻科，螺旋藻属。是一类低等的原核生物。
2、外观不同
裙带菜外形与海带有些像，但叶片较海带薄，绿色，呈羽状裂片，外形像大破葵扇，也像裙带，所以叫这个名字。螺旋藻由单细胞或多细胞组成的丝状体，体长200-500μm，宽5-10μm，圆柱形，呈疏松或紧密的有规则的螺旋旋形弯曲，形如钟表发条，故而得名。因为螺旋藻个体微小，肉眼很难看清楚，只能看到一池绿水。
3、用途不同
裙带菜可以像海带一样制成干制裙带菜或盐渍裙带菜。螺旋藻可以用过滤的方式收集后制成螺旋藻粉，是蓝绿色的粉末。